中空纖維超濾膜性能精良，能夠截留分子量較低的雜質，在科研生產領域應用廣泛。但是，超濾膜運用時間一長，膜外表會被截留的各種有害雜質籠罩，甚至膜孔也會被更為渺小的雜質堵塞，其分離機能也會下降。因而，中空纖維超濾膜有必要及時進行清洗。
中空纖維超濾膜工作原理示意圖：
一般情況下，中空纖維超濾膜的清洗過程，能夠分為以下幾步：
1、用清水沖刷整個超濾體系，水溫最好采用膜組件所能接受的較高溫度。
2、選用合適的清洗劑進行循環清洗，清洗劑中可含EDTA或六偏磷酸鹽之類的絡合劑。
3、用清水沖刷，去除清洗劑。
4、在規定條件下校核膜透水量。如未能到達預期數值，重復第二、三步清洗過程。
5、用0.5％的甲醛水溶液進行消毒儲存。
中空纖維超濾膜的清洗辦法可分為物理辦法和化學辦法兩大類。
中空纖維超濾膜的物理清洗法是運用機械來去除膜外表的污染物，清洗過程中不產生任何化學反應。常見的主要有水氣混雜清洗法、等壓水力沖刷法、熱水及純水沖刷法、負壓反向沖刷法等。
1、水氣混雜清洗法：將污染過的壓縮空氣與水同時放進超濾膜內，在水氣混液的劇烈拌和效果下，膜外表比較堅實的雜質很簡單去掉。
2、等壓水力沖刷法：封閉超濾液出口閥門，打開濃縮水出口閥門，此刻中空纖維表里兩邊壓力逐步趨于平衡，因壓力差粘附于膜外表的塵垢松動，借增大的流量沖刷外表，這對去除膜外表上大量松軟雜質有用。
3、熱水及純水沖刷法：熱水沖刷膜外表，對那些粘稠而又有熱溶性的雜質去除效果顯著。純水溶解能力強，循環沖刷效果比較好；
4、負壓反向沖刷法：這是一種從膜的負面向正面進行沖刷辦法，對表里有細密層的中空纖維或毛細管超濾膜是比較合適的。
中空纖維超濾的化學清洗法是運用某種化學藥品與膜面有害物質進行化學或溶解效果來到達清洗目的。富勒姆水處理專家表明：化學藥品在運用時要注意不能與膜及其他組件材質發生任何化學反響或溶解效果，也不能因為運用化學藥品而引起二次污染。
1、酸洗法：常用的酸有鹽酸、草酸、檸檬酸等。制造后溶液的PH值因材質類型而定。例如CA膜蕩滌液PH=3～4，其他PAN、PVDF、PS、SPS、等膜PH=1～2。應用水泵循環操作或者浸泡0.5～1h，對去除無機雜質結果好。
2、堿洗法：常用的堿主要有氫氧化鈉、氫氧化鉀和碳酸鈉等。制造堿溶液的PH值也因膜材質類型而定，除CA膜要求PH=8左右以外，其他耐腐化PH=12，相同運用水泵循環操作或者浸泡0.5～1h，對去除有機雜質及油脂有用；
3、氧化性清洗劑：運用1～3％H2O2，500～1000mg/LNaClO 等水溶液清洗超濾膜，既去除塵垢，又殺滅細菌。
4、加酶洗滌劑清洗：加酶洗滌如0.5％～1.5％胃蛋白酶、胰蛋白酶，對去除蛋白質、多糖、油脂污染物質有用。